Engestofte kirke som ligger mellem herregården og avlsgården, er et gotisk langhus fra omkring år 1300. Spiropbygningen er fra 1660 og således fra den tid, Urneslægten besad Engestofte. Altertavlen er en af de fineste på Lolland. Den er en lybsk skabstavle fra ca. 1510 og er kommet hertil i 1648 fra nonnekirken i Maribo. I midtfeltet er der en stor Maria-figur med Jesus-barnet på armen. Hun bærer krone og scepter, og i en omgivende strålekrans svæver fem engle med lidelsesredskaber og symbolskjolde. Der er også et par stående engle med røgelseskar samt fire helgenfigurer. I sideskabene er der ligeledes fine reliefarbejder - scener med de hellige tre konger og omskærelsen samt den hellige Birgitta og Skt. Clara med tilhørende bifigurer. Prædikestolen og kirkens almindelige stoleværk er nyere men glimrende udført i nygotisk stil. Våbenhuset var indtil 1856 gravkapel for Wichfeld´erne. I kirken findes et epitafium over Jørgen von Wichfeld, som oprettede stamhuset, samt en mindetavle for en engelskfødt frue på gården, Monica Wichfeld, som døde i tysk fængsel februar 1945. Hun havde deltaget aktivt i modstandskampen mod tyskerne og var først dømt til døden, men dommen ændredes til fængsel trods hendes protester.